不明潜艇受到惊扰，赶紧启动朝公海逃窜。鲁淮成接到报告，命令追击不明潜艇，一定要活捉它。
郑远海588舰快速抄近海的八号海域准备拦截不明潜艇，陈建军的186舰在后面紧追。
基地作战室紧张地接到海上报告，郑远海的588在八号海域触礁，堵漏时多名官兵负伤。返港后郑远海被基地宪兵带走，再次陷入绝境。
舰队调查组进驻基地，郑远海被隔离。但陈建军的心里一点都不轻松，他经过激烈的思想斗争，最后决定说出真相，勇敢地承担责任。他把真实情况的报告交给谢庭群，希望他转交给父亲，因为他不敢对视父亲的眼睛。
谢庭群为保护陈建军，私自将报告内容更改，送交了舰队。
调查组做出处理意见，郑远海按战士复员，父亲当年也是在八号海域触礁船沉，也是按战士复员处理，历史惊人的相似。
郑远海来找陈建军道别，感谢他对自己的帮助，使自己不枉穿这身军装，陈建军不解，自己报告说得很清楚，怎么还处理郑远海?他来到父亲的办公室，陈敬国去北京开会，谢庭群承认是自己把报告更改，陈建军狠狠给了他一拳。
陈建军闯入正在宣布郑远海处理决定的会场，向所有领导和官兵说出了真相。陈建军希望鲁淮成在处理决定出来之前，不要让自己父亲知道，他不愿意人们说他的每一步都是在父亲的庇护下走过来的。
工作组重新认定了事故责任，但处理意见希望基地做出，难题甩给了鲁淮成，鲁淮成怀着沉痛的心情来到医院见陈敬国，见到老首长他又欲言又止，这是他一生中第一次没有快人快语，他一字不提地离开了医院。
旗舰第30集剧情介绍鲁淮成和基地党委最后做出决定：陈建军按战士复员。陈敬国接到报告一句话没说，在上面签上了自己的名字。深夜，陈敬国请儿子陈建军喝酒，父子俩含泪把酒，倾诉衷肠。谢庭群站在门外感动得热泪盈眶。
第二天，陈敬国亲自来到基地宣布了处理决定。
陈建军向鲁淮成道别，鲁淮成嘱咐他：不管别人怎样评介你，记住脱下军装也不要忘记自己曾经是个军人。
郑远海问陈建军为什么要承认责任，陈建军回答，你比我留在军队更有用。并嘱咐他一定要抓住那条“鲨鱼”。
陈建军整理好行李，看了看自己的舰长室，来到甲板，全体官兵向他敬礼。陈建军含泪向军旗行了他最后一个军礼，转身迈着大步离去。
深受教育的谢庭群向陈敬国递交了请调报告，他希望把他派到最基层去工作，一切从头开始，努力使自己成为一个配穿这身军装的军人。
谢庭群来到基地救援船报到，担任了副船长职务。
姜喜子要退伍了，他请求郑远海最后让他再随舰出趟海，就在这次出海执行堵截武装海盗劫持的国际货轮的战斗中，献出了自己的生命，东江基地领导根据姜喜子生前的遗嘱，将他的骨灰撒向大海，郑远海悲痛地率舰出海，姜喜子的骨灰随风飘落在深蓝色的大海之中。
