解放战争后期，国共攻守之势逆转，我党我军在各路战场取得节节胜利，国民党当局苟延残喘，却仍心有不甘负隅顽抗的做着垂死挣扎。为了抓捕中共地下党重要领导成员苏志丹，破坏我军情报工作，中统行动处处长茅剑升，在茶馆内布下天罗地网，只待目标出现。此番一旦失手，则他的前程、性命都将灰飞烟灭。
中共党员韩奎与唐爱诗发现埋伏为时已晚，为了掩护苏志丹韩奎决定牺牲自己。然而苏志丹还是出现在茅剑升的视野中，正当茅剑升准备行动时，国民党第四十六军军长连城却突然出现…… 时光倒转，回到民国初年，连城护送的马匹遭军阀士兵詹力抢劫，致使富商兼养父连步云损失惨重。
消息一出，连步云的竞争对手，古城另一富商韩志远便撺掇英国商人史密斯借此机会逼连家破产。而连家大小姐连莲却与韩志远之子韩奎暗系情愫，遭到心烦意乱的连步云训斥，连莲一怒离家出走。为解脱连家困境，连城独闯兵营要马，他豁出性命的忠义之举打动军阀马军长，归还马匹之余要枪毙詹力，连城一时心软免其一死。马军长挽留连城喝酒，并提议连城投军，遭到婉拒。
电视剧潜伏者剧照
当晚，心怀怨恨的詹力却率人血洗连家满门。连城带马赶回，目睹惨景，睚眦欲裂。连步云拼着最后一口气告诉连城凶手是詹力，临终前托付连城，务必找到连莲，并照顾女儿一生。连城握着连步云留下的烟斗，含泪答应。
潜伏者第2集剧情介绍怒火中烧的连城闯进韩家找连莲，却一无所获。韩家父子这才得知连家被灭门，惊讶莫名。韩奎不顾父亲阻挠，追随连城去找连莲。连城怒斥韩奎，声称只要自己活着，连莲就不可能和你在一起，韩奎不为所动，两人最终分道扬镳，各自寻找连莲下落。连莲流落省城，在一间破庙里偶遇贫困交加的茅剑升和他重病的妻子。
茅剑升因买不起救命的人参而失声痛哭，触景生情的连莲感念茅剑升疼爱发妻，以一根金条的代价换回人参，令茅剑升感激万分，说自己欠连莲一条命。 遍寻不着连莲的连城，只好返回连家安葬连家老少，他在连步云的灵位前发誓要手刃仇人詹力。连城趁夜色再次潜入兵营，经过一番激战他控制了詹力，贪生怕死的詹力谎称幕后指使是韩志远，连城却一刀了结他的狗命，但寡不敌众被擒。闻讯赶来的马军长惊怒之余仍拉拢连城效力，连城不从，马军长将其移交警察局。
不料回警局的半途中遭遇车祸，连城虽逃出生天却也遍体鳞伤。 省城之内到处贴满了通缉连城的告示，警察们严阵以待，全城搜捕。连城昏倒在药店门口，被老板苏志丹所救。醒来的连城警觉的挟持了苏志丹逼问对方企图，苏志丹却表示既然出手相救便不会加害。
连城听苏志丹谈吐不俗，便说出事情原委，苏志丹劝走投无路的他参加黄埔军校。连城考虑再三决定参军，在报名现场他化名“林土成”如愿成为黄埔军校的学员。然而当到达目的地时，出现在众人面前的却是自称国民革命军西北联军第四军第二十一团团长的巴山。所谓“黄埔军校招生”不过是巴山拉壮丁的幌子，连城暗自叫苦，正是才出虎穴，又进狼窝。
潜伏者第3集剧情介绍茅剑升因为当逃兵而遭毒打，他向新兵们说出实情，这里名为当兵实为壮丁，其实都是给军阀干苦力兼冒领军饷的傀儡。这让打算既来之则安之的连城倒吸冷气。尽管如此，兵营里还是装模作样的让众人参加军训，经过一段时间的观察，连城和茅剑升决定密谋出逃。大雨滂沱之夜，正准备行动的连城却在军营遇到了率领一支小队在雨中高唱国民革命军军歌的苏志丹。
苏志丹告诉惊诧的连城，自己的身份是第四军政治处处长。连城向苏志丹报告了自己受骗之事，苏志丹答应调查，而茅剑升却怀疑连城告密，两人起了一番争执。苏志丹找巴山交涉，巴山欲盖弥彰，苏志丹说此事必须严查，巴山嘴上答应配合，心里却起了歹意。 回到故里的连莲望着满城连城的通缉令，涌上一股不祥的预感，当她回到家中，看见父母的灵牌以及连城留下的血书，宛如遭受晴天霹雳。在父母的坟前，悲痛欲绝的连莲放声痛哭。
连城正在跟茅剑升聊天，两人尽释前嫌，茅剑升问连城为何没有相好，连城说相好是互相喜欢对方，而自己只是喜欢人家，人家不见得喜欢自己。茅剑升笑称此乃单相思，而连城却回想起连步云生前的话：我要你照顾好连莲，不是下人照顾小姐，而要像男人照顾自己的女人一样。此时的连莲却一步一步走向奔涌湍急的江水……
苏志丹查办假招兵一事，发放路费给众人，连城却为报恩自愿留下。苏志丹与连城长谈，让他明白最大的忠诚是对于国家和民族的忠诚。茅剑升也在离开后返回，决心投身革命，连城大喜，二人义结金兰。连城还效法桃园三结义，要跟苏志丹结拜，苏志丹却告诉他共产党的起源。 兵营操场上，连城等人奉命列队迎接独立营。令连城震惊的是，站在自己面前的一身戎装的人，竟然是韩奎。
