程锐没找到孩子，但是发现了另外一个出口，所以断定漏网的特务一定是从另外一个出口带走了孩子。特务坦承，逃走的那个人叫黎征农。刘局长他们猜测郑云帆既然肯提供国民党地下堡垒的位置，那就证明他跟国民党势不两立。同时刘局长还说起，郑云帆不仅掌握着蝴蝶密码的奥秘，而且对国民党多部中高级密码都了如指掌，促使他早日投入人民的怀抱，早和盘拖出他所知道的一切，与此同时刘局长还担心，黎征农绑架了郑小念，郑云帆一定会去找他，所以郑云帆和他女儿的性命都交不保。建勋说要在他们见面之前找到郑云帆。
建勋命人在城里各处贴了通辑令，目的就是让郑云帆看到，这样他就可以知道解放军破获了地下堡垒。程锐在那里猜测，郑云帆肯定不会出来，建勋理解郑云帆，他猜测郑云帆是想，他一旦向共军投城，就会给郑小念引来杀身之祸……此时郑云帆站在暗处偷听着他们的谈话。郑云帆偷偷的往林虹的家里递了纸字，林虹听到响动本以为是阿倪，却发现外面根本没有人。看过纸条林虹打开了广播，听到广播里正在通辑黎征农带着孩子外逃的新闻。
玉洁告诉建勋，自己已经抓住了全部的蝴蝶。程锐质疑，特务的老巢都被他们端了，黎征农带着一个孩子会逃到哪里?黎征农带着小念去了林虹那里，林虹不明白这到底是怎么回事?林虹将那封字条拿给阿倪看，黎征农告诉林虹，他们马上就可以去香港远走高飞了，今天晚上七点就上船。林虹质问这孩子怎么办?阿倪(黎征农)说自己将她托付给另外的朋友。
建勋说起，自己有80%的把握证明吴为就是郑云帆。玉洁质问他有证据吗?建勋却说现在可缺的就是证据。程锐说起吴为不抽烟，可郑云帆却是个烟鬼，建勋则认为这是郑云帆为了把自己隐藏起来故意做的，同时他觉得，自己之所以加深对吴为的怀疑，就是他跟许苗苗之间的恋爱，他明明爱着许苗苗，可是却把她推得很远。
林虹上街的时候无意中看到了通辑令，当她再三犹豫之后还是打了举报电话。黎征农在身后一直跟着她，当她打完电话之后黎征农便上前拿刀子将她捅伤。吴为回到家许苗苗质问她到底昨晚上去了哪里?吴为向她说起自己知道孩子的下落，许苗苗嚷着要跟他一起去，吴为坚决不同意。许苗苗指责他谎是不是撒不下去了?郑云帆坚持自己是吴为，许苗苗生气的指责他为何还要对自己撒谎?因为情绪激动，许苗苗晕了过去。
建勋匆匆赶到命人将林虹送到医院，走之前林虹拿出了那张纸条，建勋觉得这是道暗语。经过他们的猜测，建勋断定这张纸条是郑云帆写给黎征农的，而不是黎征农写给林虹的，目的就是想利用林虹这个中转站把会面信息传递给黎征农。程锐质问建勋，是不是百分百断定吴为就是郑云帆?建勋十分断定，并说证据就是这张纸条，因为上面的笔迹就是吴为的。
吴为向睡着的苗苗道别，并说如果自己能活着回来，就会向她说出一切。吴为走后，苗苗赶紧起床拿起了桌子上面的那封信。建勋等人再次分析那首诗的意思，猜测出郑云帆约黎征农见面的时间和地点。许大江匆匆向玉洁他们说起，吴为和苗苗都不见了。建勋下令全体人员立即赶往浮图山。
黎征农背着小念去了山上，小念要求倪叔叔把自己放下来，当小念准备溜走的时候，黎征农呵斥她站住，同时告诉她自己带她去见爸爸。郑云帆去了山上，苗苗一直在身后偷偷的跟着他。
幻影第28集剧情介绍(大结局)郑云帆看到了被绑在树上的小念，当他准备走过去的时候黎征农上前阻止。郑云帆同意跟他走，不过前提条件是他先放了小念，黎征农拿枪指着他，并要求他按照自己的要求行事。郑云帆不同意先行离开去云南，他说从现在开始自己是不会和小念分开的，同时他指责黎征农提着脑袋为一个垂死的小朝廷去卖命，岂不是螳臂挡车吗?黎征农却质问郑云帆，明知道中共江山已定，他不去海外也不投中共，这是识的哪门子识务?郑云帆说自己不愿意看到内战，只想隐退江湖。黎征农指责郑云帆现在走的是一条死路。郑云帆说今天自己来，就没打算活着出去。
郑云帆后悔，当初他就应该留在太行山革命根据地。黎征农要他为了小念做出正确的选择，郑云帆却说现在的郑云帆不是当年的那个郑云帆了。黎征农觉得他们已经没有共同语言，既然他不去海外，自己只能取他的命，而自己只有这样做，上峰才不会对自己台湾的家属下手。郑云帆不想黎征农交不了差，所以他让黎征农随时取走自己的命，但请他放了小念。黎征农生气的拿枪指着他，郑云帆请求跟小念说两句话。
郑云帆跟小念说了一番话后，要求黎征农放了小念，黎征农上前放了他，郑云帆要求女儿赶紧离开这里。苗苗终于按捺不住上前让小念赶紧走。当苗苗上前的时候，黎征农向她开枪。建勋等人听到枪声匆匆跑了过去。 郑云帆抱着受伤的苗苗，生气的对黎征农大吼大叫。黎征农再次向苗苗开枪，郑云帆愤怒的朝黎征农开枪，之后抱着苗苗匆匆离开。黎征农犹豫再三，还是没有向郑云帆开枪，而是开枪自杀。
建勋赶到之时发现黎征农已经死亡，小念不停的大叫，让他们救救自己的爸爸，却不小心从上面掉了下去。重伤的苗苗质问吴为，到底是不是潜逃的……?郑云帆承诺从今以后自己再也不逃了。听到有汽车的声音，郑云帆上前拦下了车子匆匆送苗苗去医院。建勋发现了被劫的司机，向他问清了情况。小念拼命的抓住悬崖壁喊救命，苏琴和许大江听到了她的声音匆匆的赶了过去。
建勋得知许苗苗受了枪伤被送到了厚慈医院。刘局长确定送苗苗去医院的吴为就是郑云帆，所以他下令包围厚慈医院。建勋去了医院，吴为承认自己就是郑云帆。建勋指责郑云帆，因为他的潜藏，苗苗为了他而身受重伤。郑云帆请求老天保佑苗苗能够继续活下去。建勋说苗苗会继续活下去的，而他郑云帆今后何去何从呢?
刘局长带人包围了厚慈医院，玉洁说起建勋和郑云帆单独在里面，情况不明。刘局长说起这个时候，攻心是最重要的。郑云帆坚持走自己的第三条道路--不战不降，建勋生气 的指责他，他研制的蝴蝶密码正在被国民党利用，难道苗苗的流血跟他无关吗?郑云帆说自己没脸再活下去了，所以他想以死谢罪。胡先生不顾护士的反对执意要见郑云帆。玉洁再三请求刘局长，刘局长同意让她从后门进入。
许大江带着小念赶到医院，刘局长命他们从后门悄悄进入。郑云帆拿出枪指着自己的脑袋，胡先生走出来指责他，自杀乃屠夫所为，同时他说起，耿建勋就是抗战时期帮助他破译蝴蝶密码的中共地下党人员，日本间谍在黄桷古道上暗杀他，也是耿建勋救了他，而且他的恋人聂小兰也是为了他而牺牲的……建勋指责郑云帆自杀是最自私的行为，所以他这样做对得起郑小念吗?
苗苗体内的子弹被取了出来，这时许大江带着小念也赶了过来。苗苗醒来告诉玉洁，郑云帆对自己说他再也不潜逃了。玉洁告诉郑云帆，小念来了，苗苗也醒来了……听到这些郑云帆有些犹豫了，小念跑了过来喊爸爸，郑云帆放下了手中的枪，向女儿伸出了怀抱。小念和爸爸抱在一起伤心的哭了起来，大家看到这一幕不禁感动不已。
大家前去聂小兰的墓碑前祭奠她。郑云帆远远的望着在外面休息的病号苗苗，当他想要下车的时候，建勋拦住了他，望着苗苗，郑云帆会心的笑了起来。(剧终)
